杨乃武与小白菜案是“清末四大奇案”之一，案发地在浙江余杭县。杨乃武，世代以种桑养蚕为业，家境较为殷实，参加浙江省乡试，考中举人。毕秀姑，早年丧父，后嫁与县城豆腐店一伙计葛品连为妻，家境并不宽裕，因模样俊俏，加之平日爱穿青衫系白围裙，街坊邻居便送绰号“小白菜”。同治十二年（1873年），葛品连与妻子小白菜租住在杨乃武家。其间杨乃武教过小白菜习字，两人过往甚密，葛品连常在豆腐店帮工，不常回家，小白菜一人吃住在杨家，街坊邻里传言两人有私情。为避流言蜚语，葛品连携妻搬出杨家，不再来往。同年十月初九日，葛品连“脚发流火旧疾”，服用汤药调理后“呕吐暴毙”，葛家认为死因蹊跷，疑似被人投毒，于是报官到余杭县衙。此案件的审理曲折往复，在中国第一历史档案馆（以下简称“一史馆”）馆藏档案中有着详实的记载。
清朝定制，属笞、杖刑的较轻刑事案件由州、县审理，人命等徒刑以上（含徒刑）的刑事案件须根据律例拟罪后逐级向上申报，以此作为上一级审判的基础。对刑事案件审理规定，州县将不属于管辖范围内的案件逐级上报，徒刑报至督抚，流刑报至刑部，死刑则需报至皇帝，通过层层转审，直至有权作出判决的审级批准后才终审，形成“逐级审转复核制”。
在杨乃武与小白菜一案中，一审归余杭知县审理，仵作验尸禀报葛品连中毒而死，知县刘锡彤并未认真勘验且有私心报复，便下令逮捕小白菜，在刑讯获取有罪供述后，又对杨乃武用刑逼供，在杨并未认罪的情况下，刘锡彤竟罗织二人因奸毒杀罪名。鉴于犯人达到判处徒刑以上标准，按律须解送上杭州知府复审。杭州知府陈鲁继续对杨乃武施用酷刑，以屈打成招供述定罪，判决“杨乃武斩立决”小白菜“凌迟处死”。接着由浙江按察使司，作为一省刑名总汇，对案件展开第三审复审，仍以原拟定案，而后呈给浙江巡抚定谳进行四审。浙江巡抚杨昌濬仍依照原拟罪名断结。按照大清刑律，此案属于情罪重大、罪应凌迟枭斩决案件，须由浙江巡抚专本具题，待刑部批复后再行执行。尽管杨乃武与小白菜案的审判经过四级机关的审转监督，但预防枉法裁判的制度设计，却因司法监察弱化、官员上下徇私而难以实现，最终酿成冤案。在清朝，当事人不服案件审理结果可按程序逐级申诉。清律严禁“越诉”行为，并规定“军民人等遇有冤抑之事，应先赴州县衙门具控；如审断不公，再赴该管上司呈明；若再屈抑，方准来京呈诉。”杨乃武的姐姐杨菊贞（叶杨氏）认定杨乃武被冤枉，拿到弟弟被屈打成招的证词后和杨乃武的妻子开始逐级申诉。即便上告到浙江巡抚，判决结果依旧没有改变。
无奈之下，先后两次赴京“告御状”。第一次“告御状”便是向都察院递交杨乃武亲笔书写的申诉材料。都察院作为最高监察、弹劾和建议机关，其司法审判职能：一是参与审核重案、疑案，如与刑部、大理寺进行“三司会审”；二是受理申诉、控告，该部门官员有权宣布停刑，再向皇帝报告。据一史馆档案记载，收到证词后，都察院官员刑科给事中王书瑞提出本案有疑，奏请亲派大员复查。浙江学政胡瑞澜被任命进行复审，但仍按照原审奏结。户科给事中边宝泉再次上疏，并呈递18名浙籍京官联名抗诉，要求该案交由刑部复审。后刑部派员与地方官员多次审理，仍是维持原判，冤案难翻。❖ 刑科掌印给事中王书瑞为重案存疑请派大员查办事奏折
杨家人对判决结果不服，第二次进京“告御状”，此时案件在《申报》的报道下已天下皆知，在媒体舆论的推动下，终因案情重大而惊动慈禧太后，慈禧太后遂下旨将此案交刑部主审，都察院、大理寺会审。光绪二年（1876年），为防止证据人为灭失，刑部下令提集本案全部人证、物证材料，重启勘验核查，案件交由刑部尚书桑春荣主审，几次会审后，冤案得以昭雪：杨乃武、小白菜的有罪供述皆为屈打成招，刑部开棺验尸后发现葛品连确是由疾病引起的死亡，证实余杭县知府一审审理勘验存在不实，浙江巡抚杨昌濬以下多名涉案官员受到革职等处分。❖ 刑部尚书皂保等为葛品连案相关各员处分事奏折（局部）
杨乃武与小白菜案历时3年，复审6次终得昭雪，在司法审判程序的流转中暴露了晚清官僚机构的腐朽。延伸阅读
杨乃武与小白菜案在当时轰动全国，百余年来历久相传，以此为蓝本演绎出诸多版本的文艺作品，也让这一段历史增添了神秘色彩。中国第一历史档案馆在2002年编辑出版了《杨乃武小白菜奇案御档》一书，该书共两册，选取了中国第一历史档案馆所藏与本案相关的档案40件。档案文种涉及内阁明发上谕、军机处录副奏折、题本、咨呈、呈文等。较为全面的反映了杨乃武与小白菜案几经复审却冤情难平，最终在朝廷的干预下沉冤昭雪的艰辛历程，通过档案这一历史记录较为真实的还原了历史的本来面貌。
《杨乃武小白菜奇案御档》属《清宫御档》系列。《清宫御档》是一部以宣纸印刷，线装出版的明清档案文献。全书共分五函，均独立成篇。第一函：《清宫御膳》，第二函：《乾隆南巡御档》，第三函：《御批两浙名臣奏议》（文教卷）；第四函：《御批两浙名臣奏议》（海塘卷），第五函：《杨乃武小白菜奇案御档》。
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